2022年第十一期·肿瘤液体活检临床学术文献汇编

 

肿瘤液体活检临床学术文献汇编

2022年第十一期)

 

 

晶准生物医学(深圳)有限公司

 

 

 

本期文章摘要

本期共摘取三篇文章:

第一篇文章于2022年发表在《Cell杂志上(影响因子66.85),该研究首次发现在肿瘤引流淋巴结(TdLN)中存在肿瘤抗原特异性的记忆CD8+ T细胞(TdLN-TTSM),并证实了该细胞为真正响应PD-1/PD-L1疗法的细胞。TdLN-TTSM表现出典型的记忆T细胞的特征,在肿瘤早期便建立起记忆相关的表观遗传学程序,并在过继转移后表现出强大的肿瘤抗性。这项研究对打破了在肿瘤负荷中不存在肿瘤特异性记忆T细胞的传统观念,并进一步完善了PD-1/PD-L1 ICB的时空作用机制,具有较大的临床转化价值

篇文章于2021年发表在Proceedings of the National Academy of Sciences杂志上(影响因子9.58),该研究发明了一种基于片段组学的甲基化分析方法(FRAGMA),通过使用胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(CpG)位点周围细胞游离DNAcfDNA)的切割谱(cleavage profile),结合机器学习算法,确认了从特定区域到单个CpG位点的甲基化状态,该方法突破了传统的亚硫酸氢盐测序的局限,证明了利用cfDNA片段化模式推断cfDNA甲基化状态的可行性

篇文章于2022年发表在《European Journal of Cancer》杂志上(影响因子10.002),该研究基于微滴数字PCR方法(TriMeth评估了ctDNA在指导结直肠癌肝转移(CRLM患者术后管理方面的能力,TriMeth能够精准地预测复发、识别辅助化疗(ACT)后需要进一步治疗的患者,在CT结果不确定时指导治疗,评估转移生长速率以提示介入治疗的紧迫性等。这项研究显示出术后ctDNA分析CRLM患者具有很高的预后价值

 

 

  

肿瘤特异性记忆CD8+ T细胞作为引流淋巴结中PD-1/PD-L1阻断的真正应答者        1

摘要        

解读        

总结        8

通过片段组学对游离DNA进行表观遗传学分析        9

摘要        9

解读        9

总结        14

循环肿瘤DNA分析用于改善结直肠癌肝转移切除后的复发        15

摘要        

解读        

总结        20

 

 

The primordial differentiation of tumor-specific memory CD8+ T cells as bona fide responders to PD-1/PD-L1 blockade in draining lymph nodes

肿瘤特异性记忆CD8+ T细胞作为引流淋巴结中PD-1/PD-L1阻断的真正应答者

 

发表时间:202210

发表期刊:Cell

 

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陆军军医大学全叶丽林团队与合作者们使用多个临床前肿瘤模型,首次发现在肿瘤引流淋巴结(TdLN)中存在肿瘤抗原特异性的记忆CD8+ T细胞(TdLN-TTSM),并证实了该细胞为真正响应PD-1/PD-L1疗法的细胞。这项研究对打破了在肿瘤负荷中不存在肿瘤特异性记忆T细胞的传统观念,并进一步完善了PD-1/PD-L1 ICB的时空作用机制,具有较大的临床转化价值。

 

摘要

阻断PD-1/PD-L1信号传导可转化癌症治疗,并假定在肿瘤微环境TME中释放耗尽的肿瘤反应性CD8+ T细胞。然而,最近的研究也表明,系统性肿瘤反应性CD8+ T细胞可能对PD-1/PD-L1免疫治疗有反应。这些差异强调了进一步定义PD-1/PD-L1阻断的肿瘤特异性CD8+ T细胞应答者的重要性。在这里,研究使用多个临床前肿瘤模型揭示了肿瘤引流淋巴结TdLN中肿瘤特异性CD8+细胞的一个子集没有功能耗尽,但表现出典型的记忆特征。TdLN来源的肿瘤特异性记忆TTSM细胞在肿瘤发生早期建立了记忆相关的表观遗传程序。更重要的是,TdLN-TTSM细胞在过继转移后表现出优越的抗肿瘤治疗效果,并被描述为PD-1/PD-L1阻断的真正应答者。这些发现强调了TdLN-TTSM细胞可以被用来增强抗肿瘤免疫治疗。

 

解读

靶向PD-1/PD-L1通路的免疫检查点抑制剂(ICB)可缓解癌症患者的病情,目前已成为众多癌症的标准治疗方法。这些效果通常归因于肿瘤微环境(TME)来源的CD8+ T细胞,然而,并非所有耗竭的CD8+ T细胞都能对PD-1/PD-L1产生应答,CD8+ T细胞具有高度的异质性,包括耗竭前体T细胞(TPEX)和耗竭末期的CD8+ T细胞(TEX),引流淋巴结(dLNs)可容纳全身性CD8+ T细胞应答,然而,在肿瘤引流淋巴结(TdLN)中,肿瘤反应性CD8+ T细胞的分化状态及其对ICB的潜在反应在很大程度上仍是未知的。在这项研究中,研究团队首次发现了TdLN中存在一群高表达TCF-1、低表达PD-1、不表达耗竭特异性转录因子TOX的细胞亚群——肿瘤引流淋巴结抗原特异性记忆CD8+ T细胞(TdLN-TTSM),他们是真正响应PD-1 ICB的细胞亚群,具有强大的抗肿瘤能力。

团队首先通过流式细胞检查了能够表达TCF-1P14细胞,这是一种能够专门识别淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)抗原Gp33CD8+ T细胞,团队发现TdLN中几乎所有活化的P14细胞均表现出转录因子TCF-1的高表达(图1-1A&B,且TdLN中表达TCF-1P14细胞能够表达典型的记忆T细胞(TMEM)相关标志物,如IL7RαCD127)、IL2RβCD122)和CD62L,而来自肿瘤微环境的P14细胞则几乎不表达这些标志物(图1-1D&ETdLN来源的P14细胞对LCMV病毒感染表现出保护性免疫,而来自肿瘤微环境的P14细胞则未能为受体提供的保护(图1-1H&I。这些结果表明,TdLN来源的肿瘤特异性CD8+ T细胞在表型和功能上都与典型的记忆T细胞相似。

团队注意到TdLN来源的P14细胞和P14记忆T细胞缺少效应分子,如KLRG1粒酶B的表达(图1-2A&B,且PD-1表达水平较低(图1-2C-E,并且几乎不表达耗竭相关分子,如Tim-3CD39Lag3(图1-2F&G。与TdLN来源的P14细胞相比,在肿瘤微环境或者慢性感染期间分化的TCF-1+TPEX P14细胞几乎不表达记忆标志物如CD122CD127CD62L,但基本上都表达关键的耗竭标志物,如PD-1TOX(图1-2H-J,这些结果表明来自TdLN的肿瘤特异性CD8+ T细胞在表型上与来自肿瘤微环境的TPEX不同。

团队随后对来自TdLN的肿瘤特异性CD8+ T细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析,来自6个样本的22376个细胞被分为七个主要簇(图1-3A&BTdLN-P14TMEM P14大致分布在簇12中,耗竭的CD8+ T细胞则主要分布在簇4-7中,主成分分析(PCA)显示来自TdLN的肿瘤特异性CD8+ T细胞的转录特征和TMEM接近,而与肿瘤微环境中耗竭的CD8+ T细胞差异较大1-3C

图示

描述已自动生成

1-1 TdLN来源的肿瘤特异性CD8+ T细胞具有记忆T细胞的特征

 

图示

描述已自动生成

1-2 TdLN来源的肿瘤反应性TCF1+CD8+ T细胞与肿瘤微环境中耗竭的CD8+ T细胞不同

 

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1-3 通过scRNA-seqTdLN来源的肿瘤特异CD8+ T细胞进行转录谱分析

 

在之前的实验中,团队证实了耗竭特异性转录因子TOXTCF-1+TPEX中表达,为了进一步探究TOXTdLN来源的表达情况,特别是在TCF-1+TOX-CD8+ T细胞和TCF1+TOX+CD8+ T细胞之间的差异,团队构建了LUAD小鼠模型,发现相较TCF1+TOX+CD8+ T细胞,TCF-1+TOX-CD8+ T细胞表现出记忆相关表型,它们的CD122CD127CD62L标志物表达水平较高,而PD-1表达水平则较低(图1-4。团队推断TdLN来源的肿瘤特异性TCF-1+TOX-CD8+ T细胞很可能代表了一个独特的记忆T细胞亚群,命名为肿瘤引流淋巴结来源的肿瘤特异性记忆T细胞(TdLN-TTSM),而TdLN来源的TCF1+TOX+CD8+ T细胞被命名为TdLN-TPEX。团队综合对比了TdLN-TTSMTdLN-TPEX的表观遗传学数据,认为TdLN-TTSM细胞具有典型的记忆特征,而非TdLN-TPEX

 

图表, 条形图

描述已自动生成

1-4 TdLN-TTSM是真正的记忆细胞

 

为了探索TdLN-TTSM细胞在肝细胞癌(HCC)患者中存在情况,团队对HCC患者TdLN和肿瘤微环境中活化的CD8+ T细胞进行分选,并进行scRNA-seqT细胞受体测序sc-TCR-seq。聚类分析显示,来自TdLN来源的肿瘤特异性CD8+ T细胞大多是TCF-1+TOX-TTSM细胞,而来自肿瘤微环境的CD8+ T细胞则大多为TCF-1+TOX+TPEX细胞和TCF-1-TOX+TEX细胞(图1-5A。虚拟时序分析表明肿瘤微环境中的特异性T细胞起源于TdLN中对应的TTSM细胞(图1-5D,早期TCR克隆表现出记忆表型,而后期则表现出明显的耗竭特征(图1-5E。这些证据综合表明,在HCC患者体内存在TdLN-TTSM细胞。

 

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1-5 HCC患者TdLN来源的肿瘤反应性记忆CD8+ T细胞的鉴定和表征

 

团队接着研究了TdLN-TTSMTdLN-TPEX在肿瘤进展中的分化关系。在移植瘤小鼠中,部分TdLN-TTSM细胞分化为了TdLN-TPEX细胞,但并没有出现相反的情形,这表明TdLN-TTSM细胞是TdLN-TPEX细胞的前体(图1-6B。在肿瘤微环境中,TdLN-TTSM细胞和TdLN-TPEX细胞大部分最终分化为TCF-TOX+TEX细胞(图1-6D&E。这些结果共同揭示了肿瘤发生过程中,TdLN-TTSMTdLN-TPEXTME-TPEXTEX之间存在着线性的分化模式。

 

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1-6 TdLN-TTSM细胞分化为TdLN-TPEX细胞

团队接下来评估了过继转移时TdLN-TTSM细胞的抗肿瘤效果,相比较TdLN-TPEXTME-TEX细胞,TdLN-TTSM细胞表现出最明显的肿瘤抑制能力,接下来是TdLN-TPEX细胞,最后是TME-TEX细胞(图1-7B&C。接受TdLN-TTSM细胞的小鼠表现出完全缓解,而其他两组则在第40天死亡(图1-7D。这些结果揭示了TdLN-TTSM细胞在过继转移时对肿瘤生长的强大控制能力,因而可作为过继转移T细胞免疫治疗的一种富有前景的策略。

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1-7 TdLN-TTSM细胞具有优越的抗肿瘤能力

 

最后,团队探究了TdLN-TTSM细胞对PD-1/PD-L1 ICB的作用,在接入了相同数量TdLN-TTSMTdLN-TPEX细胞、并在指定时间进行抗PD-1治疗的小鼠中,第10天观察到TdLN-TTSM衍生细胞的扩增比TdLN-TPEX衍生细胞更显著,TdLN-TTSM来源的细胞在数量及细胞因子表达方面都显著于TdLN-TPEX来源的细胞,表明主要是TdLN-TTSM而非TdLN-TPEXPD-1/PD-L1有反应。在手术切除TdLN时,抗PD-L1单克隆抗体的肿瘤抑制能力几乎被消除(图1-8I&J,且在治疗期间任何时间去除TdLN都会消除PD-L1治疗的作用(图1-8K&L,表明PD-L1 ICB的有效性强烈依赖于TdLN中肿瘤特异性CD8+ T细胞的存在。这些证据共同表明,TdLN-TTSM是真正响应PD-1/PD-L1治疗的细胞群。

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1-8 TdLN-TTSM细胞是PD-L1 ICB的真正应答者

 

总结

这项研究表明:来自肿瘤引流淋巴结的一个CD8+ T细胞亚群——TdLN-TTSM,是真正响应PD-1/PD-L1治疗的细胞群。TdLN-TTSM表现出典型的记忆T细胞的特征,在肿瘤早期便建立起记忆相关的表观遗传学程序,并在过继转移后表现出强大的肿瘤抗性。研究认为PD-L1 ICB首先在TdLN中扩增TTSM细胞,并驱动TTSM细胞分化为TdLN-TPEX细胞,后者迁移到肿瘤微环境中,并分化为TEX细胞,从而有效地对抗肿瘤。这项研究对打破了在肿瘤负荷中不存在肿瘤特异性记忆T细胞的传统观念,并进一步完善了PD-1/PD-L1 ICB的时空作用机制,具有较大的临床转化价值

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Epigenetic analysis of cell-free DNA by fragmentomic profiling

通过片段组学对游离DNA进行表观遗传学分析

 

发表时间:202210

发表期刊:Proceedings of the National Academy of Sciences

 

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香港中文大学卢煜明团队发明了一种基于片段组学的甲基化分析方法(FRAGMA),通过使用胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(CpG)位点周围细胞游离DNAcfDNA)的切割谱(cleavage profile),结合机器学习算法,确认了从特定区域到单个CpG位点的甲基化状态,该方法突破了传统的亚硫酸氢盐测序的局限,证明了利用cfDNA片段化模式推断cfDNA甲基化状态的可行性

 

摘要

细胞游离DNAcfDNA包含了丰富分子信息的非随机片段,有助于无创产前检测和癌症检测。cfDNA片段组学包含遗传学以外的信息,如基因表达推断。然而,利用cfDNA片段组学推断cfDNA甲基化的可行性仍未被探索。这项研究证明了利用cfDNA片段化模式推断cfDNA分子甲基化的可能性,打破了亚硫酸氢盐测序的限制。通过使用CpG位点周围cfDNA剪切谱,结合深度学习算法,研究确定了从特定区域到单个CpG甲基化状态。因此,cfDNA的遗传和表观遗传信息都可以在单一的无损检测中获得。

 

解读

        细胞游离DNAcfDNA)片段组学是一个新兴领域,具有广泛的生物学和临床意义。例如,cfDNA的片段化模式可以反应基因的表达状态,cfDNA的片段组学特征可用于监测DNA核酸酶活性,为自身免疫性疾病提供生物标志物。然而,目前尚不清楚在不同的病理条件下(如妊娠和肿瘤发生),cfDNA片段化模式与DNA甲基化之间的关系,以及cfDNA的片段组学特征能否用于推断其甲基化状态。传统的通过亚硫酸氢盐测序来评估DNA甲基化的方法可能会引起DNA分子的严重降解。这项研究,研究者在不使用重硫酸盐和酶处理的条件下,使用NGS得到的cfDNA片段组学特征来评估DNA甲基化的可能性

研究的核心思路是利用CpG位点附近的cfDNA片段化模式来推断其甲基化状态,cfDNA的片段化模式由切割谱(Cleavage profile)描述,它根据CpG位点的甲基化状态而有所不同,为使用片段组学特征进行甲基化分析提供了基础(图2-1)。研究进一步关联两种类型的末端基序(CGNNCG,其中N代表ACGT),尝试构建一种简化的甲基化分析方法。此外,研究还探索了深度学习辅助推断甲基化状态的可行性,研究将这种基于片段组学的甲基化分析方法命名为FRAGMA

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2-1 FRAGMA检测cfDNA分子示意图

 

基于8名健康对照血浆DNA亚硫酸氢盐测序结果,研究检查了高甲基化(甲基化胞嘧啶百分比>70%)和低甲基化(甲基化胞嘧啶百分比30%CpG位点相关的切割。结果显示,高甲基化CpG位点的切割比例是低甲基化CpG位点切割比例的两倍(位置0)(图2-2A),在位置-1上,高甲基化CpG位点的切割比例低于低甲基化CpG位点。并且这种关系在非亚硫酸氢盐测序数据中得到了重现(图2-2B)。研究进一步探索了CGCG亚序列为代表的两个串联的CpG二核苷酸,相比低甲基化的CpG位点,高甲基化的CpG位点在位置02上的切割比例更高(图2-2C)。这些结果表明DNA甲基化与cfDNA切割模式相关,且CpG位点较高的切割比例与较高的甲基化水平相关。

 

图表, 折线图, 直方图

描述已自动生成

2-2 基于CpG甲基化状态的切割比例

 

cfDNA相对于CpG位点(0-1切割比例的差异取决于甲基化状态,并且最终将导致末端基序的差异。甲基化的CpG位点趋于在0位点有更多的末端,富集5 CGN基序,但在-1处较少,减少了5 NCG基序,而未甲基化的CpG位点则减弱了这种情况(图2-3A)。对于健康对照组的血浆DNA样本,高甲基化CpG位点的CGN/NCG基序比显著高于低甲基化位点(图2-3B)。因此,来自基因组区域cfDNA分子的CGN/NCG基序比可以用来揭示该区域的甲基化水平。研究进一步分析了基于CGN/NCG基序比的甲基化分析可以达到的分辨率,结果表明,单核苷酸多态性(SNP)位点上携带G等位基因的DNA片段未甲基化,而携带A等位基因的DNA片段被甲基化,相比较携带G等位基因的DNA片段,携带A等位基因的cfDNA片段显示出更高的5 CGN末端基序频率和更低的5 NCG末端基序频率(2-3F)。这些结果表明,CGN/NCG基序还可以反应等位基因特异性甲基化模式。

 

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2-3 CGN/NCG基序比分析

 

研究还以肝移植为模型,探索追踪CpG周围组织特异性切割谱的可行性。研究分析了先前报道的肝移植接收者血浆DNA样本,并确定了肝脏特异性的高/低甲基化CpG位点。与造血起源的共享DNA相比,供体来源的DNA导致肝脏特异性高甲基化CpG位点在0处的切割比例增加了51%,而在-1处对应的比例下降了31.3%(图2-4A)。肝脏特异性高甲基化CpGCGN/NCG基序比与基于单核苷酸多态性(SNP)方法推导的供体来源DNA比例呈强正相关性(图2-4B),而肝脏特异性低甲基化CpG位点的切割谱则表现出与高甲基化CpG位点相反的模式(图2-4C),CGN/NCG基序比与供体来源的DNA比例呈负相关(图2-4D)。

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2-4甲基化切割谱可推断血浆DNA中肝脏DNA的比例

 

研究在肝细胞癌 (HCC) 患者中观察到来自Alu区域的CGN/NCG基序比与肿瘤DNA比例呈负相关(图2-5A),对比HCC患者和对照组的CGN/NCG基序比,发现HCC组低甲基CpG位点的CGN/NCG基序比明显降低,且随着肿瘤的进展而下降(图2-5B)。

 

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2-5 CGN/NCG基序比与肿瘤DNA及肿瘤进展的关系

研究进一步使用名健康人和13HBV携带者的亚硫酸盐测序结果来训练和测试卷积神经网络(CNN)模型,用来预测CpG是高甲基化还是低甲基化。结果显示CNN模型的AUC可达0.93(图2-6A)。此外,与甲基化评分>0.5CpG位点相比,评分<0.5CpG位点甲基化指数显著降低(图2-6B)。值得注意的是,如果仅使用CpG附近位点信息来训练CNN模型,而缺少cfDNA切割谱的数据集,则CNN模型的AUC大幅下降到0.72,证明cfDNA切割谱对甲基化分析的准确性有显著贡献。综上所述,这些结果证明利用cfDNA片段组学在单个CpG水平上推断甲基化状态的可行性

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2-6使用CNN模型预测CpG位点的甲基化状态

 

总结

        这项研究证实了CpG位点周围cfDNA的片段化模式与其甲基化状态之间的关系,并发现使用切割谱可以推断基因组区域的甲基化模式,精度可达单个CpG位点。CGN/NCG基序比可作为癌症、器官移植和无创产前评估的潜在生物标志物。基于片段组学的甲基化分析方法(FRAGMA)可直接应用于血浆DNA大规模平行测序,将遗传学和表观遗传学分析集中在一个简化的检测流程中,为数据挖掘提供额外的维度。这项研究还证明基于切割谱的深度学习算法是一种识别CpG甲基化的可行方法,综上所述,这项研究为最大化血浆DNA测序价值提供了一种新的可能

Tumour-agnostic circulating tumour DNA analysis for improved recurrence surveillance after resection of colorectal liver metastases: A prospective cohort study

循环肿瘤DNA分析用于改善结直肠癌肝转移切除后的复发检测

 

发表时间:20223

发表期刊:European Journal of Cancer

 

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丹麦奥胡斯大学医院Claus L Andersen团队基于微滴数字PCRddPCR)方法(TriMeth)评估了ctDNA指导结直肠癌肝转移(CRLM患者术后管理方面的能力,结果显示基于直肠癌(CRC)特异性甲基化标志物能够精准地预测复发、识别需要进一步治疗的患者,并在CT结果不确定时指导治疗,显示出术后ctDNA分析具有很高的预后价值。

 

摘要

目的:50%的患者在根治性切除结直肠癌肝转移CRLM手术2年内复发。由于缺乏证据,尚不清楚最佳监测策略。在这里,我们探索了基于循环肿瘤DNActDNA评估来改善术后CRLM监测的潜力

实验设计:使用肿瘤不可知甲基化多重液滴数字PCR检测TriMeth”分析96例接受CRLM切除患者的499份血浆样本。

结果:术后或辅助化疗后有ctDNA的患者无复发生存率显著低于无ctDNA的患者。ctDNA状态比标准临床危险因素和癌胚抗原CEA预测复发TriMeth序列分析55.6%ctDNA阳性患者放射学复发前检测到ctDNA,前置时间长达10.6个月(中位3.1个月)。在监测期间,24%的患者CT扫描不确定,这与复发诊断显著延迟相关。CT扫描不确定时ctDNA状态可预测复发,阳性和阴性预测值分别为100%75%P = 0.0003TriMeth序列分析可评估ctDNA生长速率,并揭示ctDNA快速生长与总生存期较差相关。

结论:术后ctDNA序列分析具有很强的预后价值,并且比标准CRLM监测工具对复发检测更敏感。总之,TriMeth为改善CRLM患者的术后监测提供了几个新的思路

解读

3-1A展示了研究设计及采血时间点,这项研究共纳入96名患者,共计获得499血液采集样本包括肝切除前pre-OP术后三个月内采集post-OP以及每三个月收集一次,直至切除后36个月的样本。对其中42名患者(43.8%使用辅助化疗(ACT(图3-1B。研究定义术后第一个血液样本最终治疗结束EOT样本对于接受ACT的患者,EOT被定义为ACT后的第一个样本post-ACT研究结果对阳性的定义为:三个TriMeth标记物C9orf50CLIP4KCNQ5中的两个存在1的阳性液滴,否则为阴性。在对比CT结果时,认为在成像前后<1个月内检出ctDNA为同时检出,如果在成像前>1个月检出ctDNA,则认为ctDNA成像前检出。

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3-1 研究设计和患者入组

研究首先评估了治疗前TriMeth检测与复发的关系,97.6%82/84)的术前血浆中检测到ctDNA,结果显示术前ctDNA水平与复发状态或复发时间无关(3-2)。

 

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3-2 术前ctDNA水平与复发无关

 

研究随后术后采集的样本(post-OP进行了分析,在65%39/60)的术后患者中检测到ctDNA其中,80%36/45术后复发的患者中检测到ctDNActDNA阳性患者复发率92.3%36/39显著高于阴性患者(42.9%9/21,且ctDNA阳性患者复发时间(中位3.8月,n=36)显著高于ctDNA阴性患者(中位7.5月,n=9,这些结果证明,术后ctDNA状态是无复发生存率(RFS强预测因子(图3-3ActDNA阴性患者一年RFS61.9%,而阳性患者12.8%

为了评估TriMeth在治疗结束后对复发的预测能力,研究ACTpost-ACT36名患者的血浆进行了分析,在44.4%16/36)的患者中检出ctDNActDNA阳性患者复发率(87.5%14/16)显著高于ctDNA阴性患者(40.0%8/20),ctDNA阳性患者的RFS显著降低(图3-3B)。对84EOT样本(包括术后EOT样本48例,ACTEOT样本36例)的组合分析证实,TriMeth阳性患者复发率(92.0%显著高于阴性患者(41.2%),TriMeth阳性结果与RFS的显著降低有关(图3-3C)。

研究评估了TriMethCT结果不确定时指导临床决策的能力。23CT结果不确定的患者同时进行ctDNACT检测,结果显示11例为ctDNA阳性,12例为ctDNA阴性,并且ctDNA阳性患者复发率(100%11/11)显著高于ctDNA阴性患者(25%3/12,并且CT扫描结果不确定时,ctDNA阳性患者RFS明显低于ctDNA阴性患者(图3-3D)。

 

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3-3 TriMeth ctDNA状态和复发风险预测

 

84名患者展开ctDNA序列分析,收集从EOT到放射学诊断复发,或随访结束的样本(其中60例复发患者,24例非复发患者)。定义所有样本在TriMeth检测中均为阴性,则患者为阴性,否则为阳性。结果显示,69.0%58/84)的患者检测到ctDNA,检测复发灵敏度为90.0%54/60),特异性为83.3%(图3-4A)。ctDNA阳性患者的复发率(93.1%54/58)明显高于ctDNA阴性患者(23.1% 6/26)。ctDNA序列分析也表明ctDNA状态是RFS强预测因素。在55.6%30/54)的ctDNA阳性复发患者中,相对于放射学诊断为复发,TriMeth能够中位提前3.1个月检出ctDNA,最多可提前10.6个月(图3-4B)。ctNDA的序列分析还表明复发部位能够影响TriMeth检测ctDNA的能力:96.9%31/32)的肝脏复发患者100%6/6)的多部位复发患者76.5%13/17)的肺复发患者80%4/5)的骨、淋巴转移转移患者中检测到ctDNA3-5C)。

 

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3-4 TriMeth序列分析CT成像检测复发

 

研究进一步筛选了32例复发患者,他们在治疗期间连续两个月ctDNA呈阳性(范围2-4)。研究分析了ctDNA生长速率作为Cox比例风险模型的连续变量,发现ctDNA的高增长率总生存期(OS)的降低之间存在显著相关性首次检测ctDNA水平作为变量发现ctDNA的高水平与OS降低之间存在微弱但显着的关联(图3-5)。同时纳入首次检测到ctDNA的水平和ctDNA的高增长率的多变量Cox分析中,只有ctDNA增长率与OS保持显著相关。

 

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3-5 ctDNA生长速率和存活率

 

 

总结:

项研究展示出ctDNA在指导CRLM患者术后管理方面的潜力,提供了在CRLM切除患者中基于TriMeth监测ctDNA的潜在临床应用,如对术后标志物的分析能够更精准地预测复发,能够识别接受ACT后仍需进一步治疗的患者,为基于风险分层成像的监测提供可能性,在CT扫描不确定时指导决策,以及评估转移生长速率,进而提示介入治疗的紧迫性。因为不需要分析肿瘤组织,TriMeth方法还可以降低成本、物流周转时间这项研究对局限在于样本量适中,缺乏验证队列及对多种患者亚群的分析,且不是所有患者都进行了为期三年的随访,因而可能会造成复发率的估计略低。

 

晶准医学简介

晶准医学成立于2018年,落户大湾区,坐落于深圳坪山海科兴战略新兴产业园和香港科学园,是一家集精准医疗液体活检技术研发、产品转化、生产、销售以及检测服务为一体的国家高新技术企业。公司拥有国际先进、自主知识产权的微流控技术与核酸检测技术,为肿瘤液体活检提供全方位的精准诊断产品、方案以及服务。晶准医学在全国范围内率先推出全方位肿瘤液体活检整体解决方案,致力于提供高效和精准的个体化肿瘤液体活检检测产品和服务,实现肿瘤早诊早筛、精准诊断与实时监测。

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img24公司拥有近3000平米的生产厂房,建有万级洁净车间、十万级洁净车间、PCR实验室及晶益医学检验实验室。严格按照国家药品质量管理体系(GMP)、医疗器械质量管理体系(YYT0287/IS013485)、欧盟生产质量标准(CE)建立了完善的肿瘤液体活检所需的研发、生产及检测服务体系。

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晶准医学产品系列

一、晶准医学自主研发的首款CTC100循环肿瘤细胞分选仪已于20197月获国家药品监督管理局批准上市,具有高效便捷、灵敏特异、样本需求少、应用广泛的特点,全面领先目前市面上的同类产品。该设备已为临床提供CTC计数与分型信息,免疫治疗靶向蛋白检测以及用药靶点基因检测等信息,可拓展应用于全基因组测序、体外培养及药敏评估等,为肿瘤早期筛查、预后判断、伴随诊断、复发预警、疗效监测等提供精准信息。

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CELLOMICS 循环肿瘤细胞检测平台

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CELLOMICS 循环肿瘤细胞检测配套试剂盒

 

二、公司拥有无需芯片”微滴式数字 PCR 平台已于20219月获国家药品监督管理局批准上市,可实现微滴生成的自动化操作,满足客户的高通量、自动化实验需求,国际首创“无芯片式”微滴阵列打印技术,突破传统微滴制备影响因素复杂、芯片耗材成本居高不下、易导致珍贵样本分析失败和损失的风险等局限,大大降低了技术平台使用成本,为肿瘤基因检测提供更精准、成本更低的检测平台。该平台可同时适用于肿瘤组织标本和血液标本,适用于肺癌的EGFR低丰度突变检测,肺癌的ALK融合基因检测,乳腺癌的分型,单细胞的基因表达分析,甲基化分析,外周血MicroRNA的绝对定量,微小残留病变等临床应用。

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全球首创“无需芯片”数字PCR平台

 

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数字PCR配套试剂盒

三、基于高通量测序技术的早筛产品研发。公司与国际顶级医学院—美国希望之城医学院以及贝勒医学院进行核心专利授权转化。基于高通量技术以及独创的国际领先的生物信息学技术和算法,检测消化道肿瘤患者ctDNA甲基化情况。可用于包括食管癌、胃肠以及结直肠癌等的早期筛查,评估患癌风险,临床符合率达93%。同时,公司目前也正在联合多家医院开展基于液体活检miRNA组检测的结直肠癌和卵巢癌产品大规模临床验证工作。

晶准医学项目特色

项目依托近20年研发积累的先进微流控技术和核酸检测技术,提供全方位肿瘤液体活检整体解决方案应用于肿瘤诊断全程管理,包括早诊早筛、辅助诊断、用药指导、实时监测等领域,利用微流控技术建立高效多功能的CTC检测与研究平台;利用核酸检测技术,高灵敏、高特异性地检测与肿瘤诊断相关的DNA与RNA信息,为肿瘤诊断提供精准的多样化临床信息。

 

晶准医学荣誉

▪2015年教育部自然科学二等奖              

▪2016获药明康德生命化学奖

▪2019年日内瓦国际发明展(金奖)          

▪2019年亚洲国际创新大奖(金奖)   

▪201921届中国国际高交会优秀产品奖

▪2019年深圳市创新创业大赛决赛

▪2019年工信部国际创新创业大赛香港季军

▪2019年第八届中国创新创业大赛行业总决赛

▪2019年德勤《香港明日之星企业 Hong Kong Rising Star 

▪2020年第三届粤港澳大湾区生物科技创新企业50——先锋企业

▪2021年第四届粤港澳大湾区生物科技创新企业50——先锋企业最受欢迎企业

▪2022KPMG全球创新科技大赛中国赛区亚军

▪2022ZAODX世界肿瘤早筛大会金筛奖·未来独角兽企业

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